dcm2bids
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312 字
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2 分钟
相关链接
仓库
https://github.com/UNFmontreal/Dcm2Bids/
文档
https://unfmontreal.github.io/Dcm2Bids/
使用方法
安装
使用 pipx ：
pipx install dcm2bids将 dcm2niix 加入环境变量 dcm2niix
创建配置文件
配置文件示例（来自官方文档）：
{
"descriptions": [
{
"datatype": "anat",
"suffix": "T2w",
"criteria": {
"SeriesDescription": "*T2*",
"EchoTime": 0.1
},
"sidecar_changes": {
"ProtocolName": "T2"
}
},
{
"id": "task_rest",
"datatype": "func",
"suffix": "bold",
"custom_entities": "task-rest",
"criteria": {
"ProtocolName": "func_task-*",
"ImageType": ["ORIG*", "PRIMARY", "M", "MB", "ND", "MOSAIC"]
}
},
{
"datatype": "fmap",
"suffix": "fmap",
"criteria": {
"ProtocolName": "*field_mapping*"
},
"sidecar_changes": {
"IntendedFor": "task_rest"
}
},
{
"id": "id_task_learning",
"datatype": "func",
"suffix": "bold",
"custom_entities": "task-learning",
"criteria": {
"SeriesDescription": "bold_task-learning"
},
"sidecar_changes": {
"TaskName": "learning"
}
},
{
"datatype": "fmap",
"suffix": "epi",
"criteria": {
"SeriesDescription": "fmap_task-learning"
},
"sidecar_changes": {
"TaskName": "learning",
"IntendedFor": "id_task_learning"
}
}
]
}最小可用配置文件示例：
{
"descriptions": [
{
"datatype": "dwi",
"suffix": "dwi",
"criteria": {
"SeriesDescription": "epi_dti*"
}
},
{
"datatype": "anat",
"suffix": "t1w",
"criteria": {
"SeriesDescription": "t1*"
}
}
]
}datatype 可选 func（功能）, dwi, anat（结构），meg（脑电），beh（行为学数据）
suffix 可选 T1w，T2w，dwi 与 bold 等。
criteria 中填写 dcm2niix 生成的json文件中可以用于区分不同数据的字段，支持正则表达式。
命令行
对于被试 HC001，使用命令行
dcm2bids -d /path/to/HC001 -p HC001 -c /path/to/config.json -o /path/to/output_dir输出结果位于 /path/to/output_dir/sub-HC001。
芷沐沐